Koncepcja programu wywodzi się z psychologii humanistycznej, najmłodszego nurtu w psychologii, wyróżnianego obok psychoanalizy i behawioryzmu. Głównymi przedstawicielami psychologii humanistycznej są Abraham Maslow, Carl Rogers, Thomas Gordon, Marshall B. Rosenberg.
Psychologia humanistyczna zakłada, że:
Program jest prezentacją różnych metod i narzędzi wywodzących się z psychologii humanistycznej. Tworzą one zestaw cennych i użytecznych w praktyce narzędzi, które mogą być wykorzystywane w zależności od potrzeb i preferencji. Wszystkie one oparte są o tę samą koncepcję człowieka, mają podobne założenia i cel. Wspólnym celem tych metod jest nawiązanie kontaktu, porozumienie i budowanie relacji.
W programie Porozumienie w Szkole położony jest nacisk na wyjątkowość człowieka, dążenie do wykorzystywania własnych możliwości oraz świadomy i wolny wybór drogi życiowej. Prezentowane w programie metody i narzędzia bazują na niepowtarzalnych właściwościach każdego człowieka i przekonaniu, że wszyscy ludzie mają potrzebę rozwoju i wzrostu.
Program Porozumienie w Szkole zakłada, że relacje osobowe polegające na wzajemnym szacunku i otwartości są bezpieczne i porządkują świat społeczny. Takie relacje pozwalają ludziom na kreatywność, dają im wytrwałość i odporność oraz siłę do poszerzania obszaru wpływu i pokonywania trudności.